药剂科的主要任务是做好药品供应管理、调剂与制剂、做好药品质量管理，另外药剂科还承担了临床药学工作、科研与教学。
1、做好药品供应管理根据医疗和科研需要，按照机构基本用药目录和处方集采购药品，按时供应。
2、调剂与制剂根据临床医师的处方、医嘱，按照配方程序，药剂科医师需要及时、准确地调配处方，按照临床需要配制制剂及加工炮制中药材。
3、做好药品质量管理药剂科应建立健全药品质量监督和检验制度，保证临床用药安全有效。应完善检验程序和检验制度，确保检验工作的独立性、公正性、可靠性。
4、临床药学工作结合临床，做好合理用药、新药试验和药品再评价工作，收集好药品的不良反应，及时向卫生行政部门、药品监督管理部门汇报并提出需要改进和淘汰品种意见。部分医院的药剂科条件较好，建立了临床药学实验室，开展血药浓度监测，为个体化给药提供科学依据。
5、科研与教学做好科研工作，以解决日常工作中存在的问题为研究目标，如提高制剂质量、工作效率、药物疗效的研究课题。药剂科还应积极承担医药院校学生实习、药学人员进修的任务。
由于医院的规模、性质和任务不同，药剂科的任务不完全一致。